Nascido em Niterói (RJ), onde morou até os 21 anos, Motta começou a tocar aos 13 anos, se profissionalizou aos 15 no circuito de bailes e, a partir dai, atuou na cena roqueira underdround da década de 1960 e 1970, tocando com bandas como Os Corujas e Sociedade Anônima, na qual permaneceu de 1970 a 1972.
Contudo, Rui Motta começou de fato a inscrever o nome na história da música brasileira em 1973, quando foi admitido como baterista no grupo Os Mutantes, substituindo Dinho Leme. Rui Motta ficou nos Mutantes até 1978, ano em que a banda se dissolveu (a reunião da banda, em 2006, foi viabilizada com Dinho Leme na bateria).
Com a banda sob o comando do guitarrista Sérgio Dias, e já sem Arnaldo Baptista e Rita Lee (1947 – 2023), Rui Motta gravou os álbuns Tudo foi feito pelo sol (1974) – disco no qual assinou a música que abre o disco, Deixa entrar um pouco d’água no quintal, em parceria com Sérgio Dias e Liminha – e Mutantes ao vivo (1976).
Fora dos Mutantes, Rui Motta integrou a banda KGB em 1986 e gravou quatro álbuns autorais – Mundos paralelos, Ilusão motriz, Rui Motta e Sinestesia – enquanto tocou como músico convidado em discos e/ou shows de cantores como Ednardo, Erasmo Carlos (1941 – 2022), Marina Lima, Moraes Moreira (1947 – 2020), Ney Matogrosso e Zé Ramalho.
Nos anos 2010, Rui Motta se reuniu com Sérgio Dias, Antônio Pedro (baixo) e Túlio Mourão (teclados) no show Cavaleiros negros para reviver a fase progressiva do grupo Os Mutantes, ao qual o baterista estará eternamente ligado.